Benjamin Alard entame ses études musicales par l’apprentissage du piano dès l’âge de sept ans à l’École Nationale de Musique de Dieppe.
Attiré par la musique ancienne, il se tourne vers le clavecin et l’orgue qu’il aborde au Conservatoire de Rouen dans les classes de Louis Thiry et de François Ménissier. Élisabeth Joyé lui enseigne le clavecin de 2001 à 2005, puis il entre à la Schola Cantorum de Bâle dans la classe de Jean-Claude Zehnder et d’Andrea Marcon.
Sa consécration au Concours international de clavecin de Bruges ne passe pas inaperçue lorsqu’il remporte en 2004 le Premier Prix, rarement décerné. Il obtient en 2007 le premier prix du concours d’orgue de Gottfried-Silbermann à Freiberg et reçoit la même année le prix spécial Hildebrandt par la ville allemande de Naumburg.
Il est co-titulaire avec Vincent Rigot des grandes orgues du facteur Aubertin, construites d’après un instrument baroque d’esthétique nord-allemande et inaugurées en 2005 en l’église Saint-Louis-en-l’Île.
Benjamin Alard se produit comme organiste et comme claveciniste aussi bien en soliste qu’au sein de formations baroques de tout premier ordre, comme La Petite Bande de Sigiswald Kuijken, Capriccio Stravagante de Skip Sempé, le Venice Baroque Orchestra de Andrea Marcon ou Il Gardellino de Marcel Ponseele. Il participe à la Folle Journée de Nantes, aux festivals de Saintes, Radio-France Montpellier, Davos, aux Sommets musicaux de Gstaad, et est invité par la Cité de la Musique, où il participe en 2014 à la série de concerts dédiés à l’intégrale de la musique pour clavecin de Jean-Sébastien Bach. Il enregistre de surcroît l’intégrale de la Clavierübung chez Alpha.