Élève de Renée Bonnet, Renée Pietrafesa, Lionel Rogg et Marie-Claire Alain, Cristina Banegas obtient le premier Prix de Virtuosité au conservatoire de Genève (Suisse), le Prix Orgue Echeverria lors du Concours International de Toledo (Espagne) en 1981 et le premier Prix d’Excellence au conservatoire de Rueil-Malmaison (France) dans la classe de Marie-Claire Alain en 1982, ainsi que le Prix à l’Excellence professionnelle concédée par le Rotary Pozos del Rey en 2006.
Elle réalise continuellement des tournées en Europe, aux États-Unis, au Japon, en Israël, en Russie et en Amérique latine. Elle donne des leçons d’interprétation en Espagne, Suisse, France, Colombie, Pérou, Brésil, Argentine, Bolivie, États-Unis, etc..
Elle dirige de nombreuses œuvres d’auteurs reconnus tels Bach, Mozart, Haendel, Brahms… avec la participation du choeur « De Profundis ». En décembre 2006 et janvier 2007 elle dirige le « Requiem » de W.A.Mozart avec des solistes uruguayens, l’ensemble vocal De Profundis et l’Orchestre de la Fondation Mozarteum.
Elle réalise sur des orgues historiques avec la participation de De Profundis de nombreux enregistrements discographiques, dont la plupart ont été reçus avec enthousiasme par la critique internationale.