Élisabeth Ballon a fait de longues études au CNSM, rentrant à l’âge de 12 ans en “solfège spécialisé” chez Berthe Duru, et terminant en classe d’analyse chez Jacques Casterède. Entre temps, les trois classes d’écriture (Maurice Duruflé, Alain Weber, Marcel Bitsch) et la classe d’orgue de Rolande Falcinelli, où elle obtient un deuxième prix d’orgue en 1971 après un premier prix de contrepoint en 1967.
Sa vie musicale s’est ensuite déroulée à Angers, Mulhouse et Saint-Maur des Fossés, où elle a enseigné l’écriture et continué à pratiquer l’orgue.
Elle est actuellement titulaire de l’orgue du temple protestant de Vincennes.