Ancien élève de Gaston Litaize, Éric LEBRUN fait ses études au Conservatoire de Paris. Il en sort muni des plus hautes distinctions, dont un premier prix d’orgue dans la classe de Michel Chapuis.

Il étudie entre autres auprès d’Anne-Marie Barat, de Daniel Roth, Olivier Latry, Michel Bouvard, des pianistes Bruno Rigutto et Pierre Duvauchelle, du chef d’orchestre Gérard Devos, des musicologues Jean Maillard, Brigitte François-Sappey, Jean Saint-Arroman, avec qui il participe à la reconstitution de la musique d’offices complets du XVIIème siècle.

Lauréat et finaliste de plusieurs concours internationaux (orgue, composition, musique de chambre), il est nommé en 1990 organiste titulaire du grand orgue Cavaillé-Coll de l’église Saint Antoine des Quinze-Vingts à Paris, où il enregistre notamment les œuvres complètes de Jehan Alain, Maurice Duruflé et César Franck ainsi que plusieurs émissions pour France-Musique.
Il fonde et dirige depuis 1991 les Chœurs de Saint-Antoine, dont le répertoire comprend les grandes partitions d’œuvres sacrées du Moyen-Âge à nos jours.

Il constitue un duo à quatre mains avec Marie-Ange Leurent, et collabore comme soliste avec de nombreux orchestres et chœurs (Ensemble Orchestral de Paris, Orchestre National de Budapest, Ensemble Instrumental Jean-Walter Audoli, Chœur de Radio-France, Chœur régional Vittoria d’Ile-de-France, Ensemble Vocal Michel Piquemal, Orchestre Symphonique de Aarhus…).
Il est le créateur de nombreuses partitions contemporaines, parfois écrites à son intention (Valéry Aubertin, Jacques Castérède, Thierry Escaich, Kamilio Lendvay, Gaston Litaize…).

Comme compositeur,  il est l’auteur d’une cinquantaine d’œuvres, allant du violon seul à l’oratorio, dont un cycle de Mystères du Rosaire, Trois poèmes liturgiques (commande du Festival de musique sacrée de l’abbaye de Sylvanès), Sonata sacra pour grand orgue (commande du Festival du Comminges), Canticum fratris solis d’après François d’Assise (création  France-Musique)…

Après avoir enseigné au Conservatoire de Fontainebleau, à la Sorbonne, dirigé l’École Nationale de Musique et de Danse de Cachan, puis fondé le cours de Didactique du Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, Éric Lebrun est aujourd’hui professeur d’orgue au Conservatoire à Rayonnement Régional de Saint-Maur des Fossés tout en donnant régulièrement des cours dans des institutions telles que la Royal Academy of Music de Londres ou les Conservatoires Nationaux de Bologne, Piacenza (Italie) ou Zwolle (Pays-Bas).
Fondateur des académies d’orgue de Nemours, puis de Sarlat, professeur pendant plusieurs années à l’Académie Internationale du Comminges. Il fut seize années consécutives directeur artistique de l’Académies d’orgue d’Issenheim, qui rayonne sur une trentaine d’instruments alsaciens, avant de fonder celle de Bourron-Marlotte, dans la région de Fontainebleau.
Il est titulaire des Certificats d’Aptitude aux fonctions de professeur d’orgue, de culture musicale et de directeur. Il signe en 2006 une biographie de Dietrich Buxtehude (Bleu-Nuit Éditeur), dont il enregistre la même année l’œuvre d’orgue en 6 CD avec Marie-Ange Leurent (Bayard-Musique), qui obtient le Grand prix du disque de l’Académie Charles Cros, puis l’intégrale de l’œuvre d’orgue de Boëly (Choc du Monde de la Musique), accompagnée d’une biographie co-signée avec Brigitte François Sappey.
Éric Lebrun est le président-fondateur de l’Association Gaston Litaize. Il a enregistré avec Marie-Ange Leurent l’œuvre d’orgue de ce compositeur pour son centenaire en 2009.

L’année 2010 voit la publication des Vingt Mystères du Rosaire op. 10, et d’un double-album consacré à Franz Liszt chez Bayard-Musique. En 2011 il créée en l’église Saint-Eustache sa Suite op. 18 pour grand orgue. Enfin, en 2012, il publie une monographie de César Franck chez Bleu-Nuit.

Il est expert auprès de la Commission Nationale des Monuments Historiques.

Sa classe de Saint-Maur rejoint le Pôle Supérieur 93 en juin 2015. Il est nommé en décembre de la même année professeur honoraire à l’Académie Royale de Musique de Aarhus (Danemark). Il entreprend avec Marie-Ange Leurent un enregistrement complet de l’œuvre de Bach en 20 CD programmés jusqu’en 2020 (Monthabor Musique). 10 CD sont déjà enregistrés.

En 2016, il signe une nouvelle biographie de Johann Sebastian Bach (Bleu-Nuit Éditeur) ; un nouvel ouvrage consacré à Claude Debussy sera publié en mai 2018.

Éric Lebrun a été nommé Chevalier des Arts et des Lettres (promotion hiver 2018).