Fanny Cousseau est diplômée du Conservatoire à rayonnement régional (CRR) de Paris et du Conservatoire à rayonnement départemental (CRD) de Saint-Maur-des-Fossés en orgue, en piano et en accompagnement.
Elle intègre ensuite la classe d’orgue du Conservatoire national supérieur de musique et de danse (CNSMD) de Lyon et étudie à l’Universität für musik und darstellende kunst Wien (MDW) en Autriche.
Pendant ses années d’études, elle bénéficie de l’enseignement d’organistes renommés tels Éric Lebrun, Christophe Mantoux, Jeremy Joseph ou encore François Espinasse.

En 2019, elle remporte deux prix au Concours international d’orgue Olivier Messiaen dont le prix de la meilleure interprétation des œuvres de Messiaen.

Musicienne recherchée, Fanny Cousseau se produit régulièrement en soliste, avec chœur ou bien avec orchestre dans divers lieux prestigieux tels l’église Saint Eustache à Paris, l’Auditorium de Lyon, le Consulat d’Algérie à Tlemcen ou encore la Jesuitenkirche en Autriche.
Très attachée à la musique vocale, elle co-fonde le duo Aloysia en 2015 avec la soprano colorature Géraldine Casey.

Fanny Cousseau est organiste au Temple de Port Royal à Paris.