Né à Berne, Jean-François Vaucher fait des études musicales complètes au Conservatoire de Genève dans la classe de Pierre Segond.
Il y obtient différentes récompenses en Harmonie, Contrepoint, Fugue, Improvisation et enfin le premier prix de Virtuosité en 1975, année où il est nommé organiste titulaire de l’Église Saint-François à Lausanne.
En 1979, parallèlement à ses activités artistiques, il entreprend des études de médecine. Pédagogue recherché, Jean-François Vaucher enseigne dès 1972, à l’Académie de St Dié (Vosges) aux côtés de Luigi Tagliavini, Xavier Darasse, Bernard Lagacé, Louis Thiry… Il est nommé à partir de 1985 professeur des classes supérieures d’orgue au Conservatoire de Lausanne.
Régulièrement invité comme membre des jurys des grands concours internationaux, sa carrière de concertiste le mène à travers toute l’Europe.
Jean-François Vaucher a réalisé plusieurs enregistrements pour la radio et le disque.
Son répertoire très vaste s’étend de la musique ancienne à celle du 20ème siècle.