Née au sein d’une famille de musiciens, à Saint Germain en Laye, près de Paris, elle fit ses études musicales au Conservatoire National Supérieur de Paris où elle remporta quatre Premiers Prix, bientôt suivis de plusieurs récompenses dans des concours internationaux.

Ses tournées l’ont menée dans le monde entier où elle a donné plus de 2 000 concerts en récital ou en soliste avec orchestre.

Pédagogue très recherchée, elle est chargée du Cycle de formation professionnelle pour organistes dans le cadre du Conservatoire National de Région de Paris.

La liste de ses enregistrements est impressionnante : plus de 200 gravures sur disques, et une soixantaine de C.D.s. dont les célèbres Intégrales : Bach, Buxtehude, Franck, Jehan Alain, qui lui ont valu plus de quinze Grands Prix du Disque.

La ville de Lübeck lui a décerné le Prix Buxtehude, couronnant son action en faveur de la musique ancienne allemande, Budapest le Prix Franz Liszt, Copenhague le Prix de musique de la Fondation Leonie Sonning. À cette occasion, elle a été décorée de l’ordre danois du Dannebrog.

Membre de l’Académie Royale Suédoise de Musique, Marie-Claire ALAIN est également Docteur honoris causa de la Colorado State University, de la Southern Methodist University (Dallas, Texas) et de l’Académie Sibelius (Helsinki). En France elle est Commandeur de la Légion d’Honneur, de l’Ordre National du Mérite et des Arts et Lettres.

Décédée le 26 février 2013 (à 86 ans), Le Pecq (France).