Né dans le Jura le 15 janvier 1930, Michel Chapuis joue dès l’âge de 9 ans sur le grand orgue de la cathédrale de Dole, sa ville natale. À 16 ans, il monte à Paris pour suivre les cours d’Édouard Souberbielle à l’École César Franck puis intègre en 1950 le Conservatoire National Supérieur de Musique dans la classe de Marcel Dupré. Il le quitte au bout d’une année avec un double premier prix d’orgue et d’improvisation.
À partir de 1951, il est successivement titulaire à Paris des orgues de Saint-Germain-l’Auxerrois, de Saint-Nicolas-des-Champs et de l’orgue de chœur de la cathédrale Notre-Dame. Dans le même temps, il aborde la facture d’orgue afin de parfaire sa connaissance des instruments. En 1964, après avoir suivi de près la reconstruction par Alfred Kern de l’orgue de Saint-Séverin, il en est nommé titulaire et lui restera attaché pendant plus de 35 ans.
Professeur à partir de 1956 aux conservatoires de Strasbourg, puis de Besançon, enfin au C.N.S.M. de Paris de 1986 à 1995, il transmet à ses élèves un langage et une technique puisés dans la recherche musicologique et l’étude historique de la facture d’orgue. Son enseignement a profondément marqué la génération actuelle de l’école française d’orgue. Aujourd’hui encore, Michel Chapuis fait partager son érudition lors d’académies d’orgue, tant en Europe qu’au Japon et aux États-Unis.
Ses innombrables enregistrements font référence en matière d’interprétation de la musique allemande et française des 17ème et 18ème siècles ; son intégrale de l’œuvre pour orgue de Bach, celle de Buxtehude, ses disques consacrés aux pièces de François et Louis Couperin, Grigny, Titelouze, Dandrieu, Clérambault, Daquin etc…, demeurent incontournables.
1995-2010 – Titulaire de l’orgue de la chapelle du château de Versailles.
2010 – Organiste honoraire de la chapelle du château de Versailles.
Passionné et défenseur de l’harmonium, Michel Chapuis est également Président d’honneur de la Fédération Française des Amis de l’Harmonium (FFAH).
Décorations : Officier de la Légion d’honneur, Commandeur de l’Ordre National du Mérite.