William Whitehead débute ses études à l’université d’Oxford, où il obtient son diplôme du premier cycle, et les poursuit à la Royal Academy of Music de Londres tout en étant également organiste-boursier à l’abbaye de Westminster.
Il compte parmi ses professeurs David Sanger, James O’Donnell et Gillian Weir. Après quatre années d’activité comme organiste suppléant à la cathédrale de Rochester, il obtient le poste de conférencier au sein de la Royal Academy of Music et est nommé Directeur de la Musique de l’église Ste Marie, Bourne Street à Londres.
En 2003 il est, avec Ann-Elise Smoot, à l’origine du Forum de l’Orgue de la capitale anglaise, dont le symposium inaugural était centré sur les œuvres de César Franck. Son enregistrement d’œuvres de Duruflé et d’Alain, à la cathédrale d’Auxerre, est sorti sous le label Chandos.
En 2004, William Whitehead remporte le 1er prix du concours international d’orgue d’Odense (DK). Il se produit en France, Royaume-Uni, Scandinavie tant en récital qu’avec orchestre sous la direction de chefs tels : John Elliot Gardiner, Richard Hickox, Paul Daniel etc… William Whitehead collabore en outre comme critique avec le « BBC Music magasine ». Il est membre du conseil du Royal College of Organists (GB).